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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
我們開發了 TwinCons 程序，用於檢測蛋白質或核酸的深層祖先的噪音訊號。作為輸入，程式使用包含預定義組的複合對齊，並以數學方式確定在對齊的每個位置將一組轉換為另一組的「成本」。輸出區分保守位置、可變位置和簽章位置。簽名在組內是保守的，但在組之間是不同的。此方法自動偵測比對內的連續特徵延伸（片段）。 TwinCons 提供了保守、可變和特徵位置作為單一分數的便捷表示，從而實現了這些特徵的結構映射和視覺化。結構比序列更保守。 TwinCons 強調了保守結構的替代序列。使用 TwinCons，我們檢測到翻譯和轉錄系統中蛋白質之間高度相似的片段。 TwinCons 檢測核醣體 RNA (rRNA) 具有高功能重要性的區域內的保守殘基，並證明特徵並不局限於特定區域，而是分佈在整個 rRNA 結構中。 TwinCon 具有評估核酸和蛋白質比對的能力，可用於 rRNA 和核醣體蛋白質 (rProteins) 的特徵和保守性的組合序列和結構分析。 TwinCons 檢測到透過循環排列相關的細菌和古細菌 rProteins 之間的強烈序列保守訊號。這個保守序列在結構上與保守 rRNA 共定位，細菌和古菌組 rRNA 比對的 TwinCons 分數表明了這一點。這項綜合分析揭示了埋藏在生命之樹最深分支點內的 rRNA 和 rProtein 的深層共同演化。