聖塔非研究所

摘要 所有生物演化都發生在可能的基因型及其表現型的空間

2022-09-02 · 已發表論文 · 更新 2026/03/19 上午03:19

摘要 所有生物演化都發生在可能的基因型及其表現型的空間。這個空間的結構定義了演化系統的演化潛力和限制。新陳代謝是最古老和最基本的進化系統之一,透過從細胞外營養物質中提取能量來維持生命。在這裡,我們透過分析 1015 個代謝空間的詳盡基因型 表型圖來研究代謝的創新潛力,該空間編碼了中心碳代謝中 51 個反應的所有可能子集。透過通量平衡分析,我們預測了這些代謝在 10 種不同碳源上…

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  • 類型:已發表論文
  • 日期:2022-09-02

摘要

所有生物演化都發生在可能的基因型及其表現型的空間。這個空間的結構定義了演化系統的演化潛力和限制。新陳代謝是最古老和最基本的進化系統之一,透過從細胞外營養物質中提取能量來維持生命。在這裡,我們透過分析 1015 個代謝空間的詳盡基因型-表型圖來研究代謝的創新潛力,該空間編碼了中心碳代謝中 51 個反應的所有可能子集。透過通量平衡分析,我們預測了這些代謝在 10 種不同碳源上的可行性,從而產生 1024 種潛在的代謝表型。儘管任何一種表型的可行代謝只佔基因型空間的一小部分,但某些表型的絕對數量超過 109。具有任何一種表型的代謝通常形成單一的基因型網絡,該網絡延伸很遠或一直延伸到代謝基因型空間,其中任何兩種基因型可以通過一系列單一反應變化相互到達。與不同表型相關的基因型網絡的最小距離很小,這樣人們就可以透過一種或幾種基因型變化達到具有新表型的代謝——在新的碳源上可行。對於那些複雜性(反應數量)接近生存所需最低限度的新陳代謝,這些原則有例外。代謝複雜性的增加增強了進化保護和進化創新的潛力。