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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
揭示複雜生物網絡的結構並將其與其功能作用聯繫起來是系統生物學的重要任務。在這裡，我們試圖描述三種微生物大規模代謝網絡的功能組織。我們應用通量平衡分析來研究這些生物在不同環境中的最佳生長狀態。透過研究不同環境下通量模式中反應的差異使用，我們觀察到反應活性的驚人雙峰分佈。受此啟發，我們提出了一個簡單的演算法將代謝網路分解為三個子網路。事實證明，我們的反應分類器對路徑的生化作用視而不見，導致了三個功能相關的子網絡，分別對應於具有不同結構特徵的代謝網絡的輸入、輸出和中間部分。我們的分解方法揭示了功能性領結組織！ n 的代謝網絡不同於不包含功能的圖論方法所確定的領結結構。