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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
新感染個體的病毒多樣化模式提供了有關新傳播病毒通常經歷的宿主環境和免疫反應的資訊。例如，在多個早期感染患者中趨於快速進化的位點可能參與逃避常見的早期免疫反應，可能代表對新感染宿主快速生長的適應，或者可能代表從先前宿主中選擇用於免疫逃避的不太適合的病毒形式的逆轉。在這裡，我們研究了 81 種非常早期的 B 亞型感染中 HIV-1 env 編碼序列的多樣性，這些感染先前表明是由單一病毒 (n = 78) 或兩種密切相關的病毒 (n = 3) 的傳播或擴展引起的。在這些情況下，可以準確估計感染病毒的序列，從而能夠推斷替換方向以及插入和刪除事件之間的差異。透過整合多個急性感染宿主的訊息，我們找到了 HIV-1 env 適應性演化的證據，並確定了密碼子位點子集，其多樣化速度比中性演化模型所能解釋的要快。在 24 個這樣快速多樣化的位點中，有 14 個位點要么 i) 聚集並嵌入在經實驗驗證或基於個體 HLA 預測的 CTL 表位中，要么 ii) 在指示 APOBEC 介導的 G 至 A 取代的核苷酸背景中，儘管在分析之前已嚴重排除了超突變序列。在某些情況下，快速進化的位點同時嵌入 APOBEC 基序和 CTL 抗原決定位中，顯示 APOBEC 可能促進早期免疫逃脫。 gp41 融合勝肽中的 10 個快速多樣化位點無法用 CTL 逃脫或 APOBEC 超突變來解釋，包括最常見的突變位點。我們還檢查了插入和缺失的分佈、範圍和序列背景，並提供了證據，證明包膜糖蛋白高變異環區域中看到的長度變化是選擇的結果，而不是突變熱點的結果。我們的結果提供了 HIV-1 在傳播後多樣化過程的詳細視圖，強調了 CTL 逃脫和超突變在新感染建立過程中塑造病毒進化的作用。