摘要 核醣體 RNA (rRNA) 基因可能是系統發育重建中最常使用的資料來源

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• 類型：已發表論文
• 日期：2022-09-02

摘要

核醣體 RNA (rRNA) 基因可能是系統發育重建中最常使用的資料來源。 rRNA 比對的各個列由於其高度保守的二級結構而不是獨立的。除非明確考慮到，否則這些相關性可能會扭曲系統發育訊號和/或導致對樹穩定性的整體高估。最大似然法和貝葉斯方法當然適合使用適當處理保守鹼基對的 RNA 特異性替換模型，但需要準確的二級結構模型作為輸入。然而，到目前為止，還沒有準確且易於使用的工具可用於計算可處理大 rRNA 的結構感知比對和共有結構。 RNAsalsa 方法旨在填補這一空白。利用成對共有結構準確性的提高，並根據特定組結構約束的先驗知識，該工具提供了比對和共有結構，這些結構對於基於 RNA 特異性替代模型的常規系統發育分析具有足夠的準確性。該方法的威力透過兩個 rRNA 資料集得到了證明：26 種哺乳動物的粒線體 rRNA 資料集，以及代表 5 個主要棘皮動物類群的 28S 核 rRNA 資料集。