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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
核醣體和小核 RNA (snRNA) 包含許多修飾的核苷酸。這些修飾模式在演化過程中得以保留，甚至可以將它們從酵母投射到人類身上。修飾位點的嚴格保守性以及 rRNA 和 snRNA 的緩慢演化與小核仁 RNA (snoRNA) 序列的快速演化相矛盾。為了解釋這種差異，我們研究了脊椎動物中 snoRNA 及其標靶位點的共同演化。為了測量和評估 RNA-RNA 相互作用的保守性，我們定義了相互作用保守指數 (ICI)。它將個體相互作用的品質與其在一組物種中的保守範圍結合起來，並作為評估 snoRNA 和標靶相互作用的保守性的有效措施。我們證明同源 snoRNA 的功能在演化上是穩定的，因此，同一 snoRNA 家族的成員指導等效的修飾。 snoRNA 序列在標靶結合區域的保守性很高，而其餘序列變化很大。除了闡明相關進化的原理之外，我們還能夠在 ICI 測量的幫助下，將功能分配給先前的孤兒 snoRNA，並將 snoRNA 作為夥伴與未分配給給定 snoRNA 的已知化學修飾相關聯。此外，我們將 snoRNA 功能的預測與序列保守性相結合來識別遠距離同源性。由於snoRNA序列總體熵較高，僅透過序列同源性搜尋方法很難檢測到這種關係。