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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
熱力學折疊演算法和結構探測實驗通常用於確定 RNA 的二級結構。在這裡，我們提出了一個正式的框架來協調來自預測演算法和探測實驗的資訊。使用「偽能量」調整熱力學能量參數，以盡量減少預測與實驗之間的差異。我們的框架在幾個關鍵方面不同於使用偽能量的相關方法。 (i) 能量模型僅在必要時改變，若預測與實驗一致則不進行調整。 (ii) 贗能量在生物物理上仍然是可解釋的，並且在實驗和模型不一致的情況下保留位置資訊。 （iii）考慮了結構的整個熱力學係綜，從而允許從看似矛盾的數據重建次優結構的混合物。 (iv) 能量模型和實驗數據的雜訊被明確建模，導致！一個直觀的權重因子，透過該因子可以將問題視為具有不同強度的“軟”約束的折疊。我們提出了一種有效的演算法來迭代計算該框架內的贗能量，並示範如何將該方法與 SHAPE 化學探測資料結合使用以改善二級結構預測。我們進一步證明，偽能量與已知影響 RNA 折疊的生物物理效應有關，例如化學核苷酸修飾和蛋白質結合。