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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
由於輻鰭魚（放線鰭魚）系統發育中共享或譜系特異性的基因組重複事件，硬骨魚類具有額外的 Hox 基因簇。因此，在硬骨魚和人類的基因組功能之間甚至不同魚類之間進行推論是很困難的。我們對塞內加爾多鰭魚（Polypterus senegalus）的 Hox 基因簇進行了定序和分析，塞內加爾多鰭魚是最基礎的放線翅目譜系的現存代表。 Bichir擁有四個Hox基因簇（A、B、C、D）；系統發育分析支持它們與顎口類動物祖先的四個 Hox 基因簇的直系同源性。我們已經產生了保守的 Hox 非編碼序列的綜合資料庫，其中包括軟骨魚類、葉鰭魚類和鰭魚（bichir 和硬骨魚）。我們的分析確定了顎口蟲中具有不同保守深度的推定和已知的 Hox 順式調控序列。我們發現，雖然bichir擁有四個Hox基因簇，但其非編碼序列的保守模式在外類群之間是鑲嵌的，例如人類、腔棘魚和鯊魚，具有四個Hox基因簇，而硬骨魚，例如斑馬魚和河豚，具有七或八個Hox基因簇。值得注意的是，bichir Hox 基因簇已被 DNA 轉座子入侵，這種趨勢在硬骨魚中得到了進一步的例證，表明一種尚未認識的基因組進化機制可以解釋放線魚中 Hox 簇的可塑性。總而言之，我們的結果表明，放線魚 Hox 基因簇經歷了選擇性限制的減少，令人驚訝的是，這種減少早於硬骨魚特異性基因組複製。