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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
當映射回基因組時，原核轉錄物幾乎總是構成不間斷的間隔。因此，分割讀段（即僅映射到不連續基因座的部分組成的 RNA-seq 讀段）在大多數分析流程中都被忽略。然而，也有一些眾所周知的例外，特別是古細菌中的 tRNA 剪接和環化小 RNA 以及自剪接內含子。在這裡，我們重新分析了一系列已發表的 RNA-seq 資料集，專門篩選它們以查找非連續映射讀取。我們回收了大多數已知病例以及幾種與環化產物相關的新型古菌 ncRNA。在真細菌中，除了先前描述的一些 I 組和 II 組內含子之外，僅獲得了少數有趣的候選內含子。大多數非典型映射讀數似乎與明確定義的、專門處理的產品不對應。這種瀰漫性背景是否（至少部分）是原核生物 RNA 加工的偶然副產品，或者是否完全由逆轉錄或擴增的技術產物組成，目前仍不得而知。