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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
目前 NCBI RefSeq 中存在約 2800 個後生動物線粒體基因組，其中三分之二屬於脊椎動物。後生動物系統發育最近受到大規模 EST 方法（系統基因組學）的挑戰，穩定了經典節點，同時支持新的姐妹群假設。在深度系統發育分析中使用粒線體數據經常受到批評，因為核苷酸替換率高、類群之間氨基酸替換率差異大以及核苷酸頻率偏差。儘管如此，粒線體基因組數據可能仍然有希望，因為它允許更大的分類單元採樣，同時提供更少量的序列資訊。我們基於粒線體基因組數據對兩側對稱動物關係進行了最全面的分析。分析的資料集包含 650 多個粒線體基因組，這些基因組被選來代表系統發育和序列多樣性的深刻樣本。結果是基於對 NCBI RefSeq 資料庫的粒線體基因組序列進行完整重新註釋而獲得的高品質胺基酸比對。然而，這些結果未能支持許多其他無可爭議的高級類群，如軟體動物、六足動物、節肢動物，並且受到線蟲類、扁形動物和其他一些類群極長分支的影響。為了確定誤導性系統發育訊號的來源，我們討論了與粒線體基因組資料集相關的幾個問題，例如核苷酸和胺基酸景觀以及基因重排與長分支的強相關性。