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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
目的全基因組關聯研究（GWAS）及其隨後的統合分析透過發現幾個新基因改變了類風濕性關節炎（RA）的遺傳學格局。此類研究以白種人群體的樣本為重，但它們僅解釋了總遺傳力的一小部分。我們先前對遺傳上不同的北印度 RA 隊列的研究表明，北印度和西方人群之間存在明顯的等位基因/遺傳異質性，因此在非歐洲人群中進行 GWAS 是有必要的。我們進行這項研究是為了檢測其他與疾病相關的位點，這些位點在具有重大影響的基因存在或不存在的情況下可能共同重要。方法在發現階段，在來自印度北部的 706 名 RA 患者和 761 名對照中產生了超過 600,000 個單核苷酸多態性 (SNP) 的高品質基因型。然後在一個由 927 名 RA 患者和 1,148 名對照組成的獨立隊列中測試了 12 個顯示暗示關聯的 SNP (P < 5 x 10(-5))。使用支援向量機 (SVM) 分析確定其他疾病相關位點。透過使用插補對新基因座進行精細定位。結果除了 HLA 基因座與 RA 的預期關聯之外，我們還發現了與 5 號染色體上 ARL15 (rs255758) 的新內含子 SNP 的關聯（P 組合 = 6.57 x 10(-6)；比值比 1.42）。透過測定脂聯素水平的基因型-表現型相關性證明了該新基因在疾病發病機制中的功能意義。 SVM 分析證實了這種關聯以及其他一些複製階段基因的關聯。結論在北印度人的第一個 RA GWAS 中，除了經典的 HLA 位點之外，ARL15 還成為一種新的遺傳風險因素，這表明人群特異性遺傳位點以及亞洲和歐洲人群之間共享的遺傳位點有助於 RA 病因學。此外，我們的研究揭示了機器學習方法在使用 GWAS 數據揭示基因間相互作用的潛力。