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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
直系同源檢測是比較和演化基因組學中的重要問題，因此，近年來設計了多種直系同源檢測方法。儘管這些方法中的許多方法依賴於生成基因和/或物種樹，但已經表明，可以以可接受的準確度水平估計同源性，而無需推斷基因樹和/或使基因樹與物種樹一致。因此，了解有多少關於基因樹、物種樹及其協調的資訊已經包含在基礎基因組的直系同源關係中是很有意義的。在這裡，我們將展示 Bocker 和 Dress 關於符號超計量學的結果，以及 Semple 和 Steel 隨後處理這些結構的演算法結果，可以為這個問題提供相當多的啟示。更具體地說，基於這些作者的結果，我們提出了符號超計量學的一些新特徵！以及用於恢復相關樹的新演算法，重點是如何擴展這些演算法以處理任意直系關係。在此過程中，我們還將表明，有些令人驚訝的是，符號超度量學與 Cographs 非常密切相關，即在四個頂點的任何子集上不包含誘導路徑的圖。最後我們討論瞭如何將我們的結果應用於實踐中的同源檢測。