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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
直系同源關係的闡明是基因功能預測以及理解序列演化模式的重要一步。直系分配通常直接從大數據的序列相似性中得出，因為更精確的方法表現出過高的計算成本。在這裡，我們介紹 PoFF，它是獨立工具 Proteinortho 的擴展，它透過結合聚類、序列相似性和同線性來增強直系同源檢測。在這項工作的過程中，FFAdj-MCS 是一種使用鄰接（與斷點距離相關的相似性測量）評估成對基因順序的啟發式方法，適用於支援多個線性染色體，並擴展到檢測重複區域。 PoFF 大大減少了誤報的數量，並且比純粹基於相似性的方法能夠實現更細粒度的預測。該擴充功能保持了其基礎 Proteinortho 的低記憶體需求和高效並發選項，使軟體適用於非常大的資料集。