本頁只刊出中文翻譯與中文說明；英文原文請見下方原文連結。
原文連結
論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
真核細胞中的基因表現受到複雜的相互作用網絡的調節，其中轉錄因子及其在基因組 DNA 上的結合位點發揮決定性作用。由於轉錄因子很少（如果有的話）單獨發揮作用，因此相互作用因子的結合位點通常緊密排列，形成所謂的順式調節模組。即使單一結合位點已知，模組發現仍然是一個困難的組合問題，我們在這裡將其形式化為最佳燒烤問題。它要求從 K 個彩色區間排列中同時刺入最大數量的不同顏色區間。這個幾何問題被證明是一個基本的、但之前未被研究過的組合最佳化問題，用於檢測超圖族中的公共邊，我們在這裡展示的決策版本是 NP 完全的。由於其在生物應用中的相關性，我們提出了適合分析包含許多序列或許多結合位點的真實資料集的演算法變體。基於由間隔排列引起的集合系統，我們的問題設定概括為發現由相應排列組成的非序列物件中的共定位項集的模式或誘發共定位項的集合系統。事實上，我們的最佳化問題是頻繁項集挖掘這一流行概念的推廣。 (c) 2008 Elsevier B.V. 保留所有權利。