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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
確定病毒基因型的適應性已成為病毒學的標準實踐，因為評估其演化潛力至關重要。達爾文適應性被定義為給定基因型相對於參考基因型的優勢，是一種複雜的特性，可以用一個數字捕捉病毒感染每個階段的表現差異。病毒適應性在多大程度上是由感染期間與宿主因子和調節網絡的特定分子相互作用產生的？我們能否辨識其表現取決於病毒適應性的功能類別的宿主基因？在這裡，我們比較了感染七種不同適應度的菸草蝕斑病毒基因型的菸草植物的轉錄組。我們發現基因型之間的適應度差異越大，轉錄組圖譜就越不相似。一致的是，兩種不同的突變，一種是病毒 RNA 聚合酶的突變，另一種是病毒 RNA 沉默抑制因子的突變，導致了顯著相似的基因表現譜。此外，我們也鑑定了宿主基因，其表現與病毒的適應性呈顯著正相關或負相關。與病毒適應性正相關的差異表達基因活化激素和RNA沉默介導的植物防禦途徑。相反，那些與健康呈負相關的因素會影響新陳代謝，降低生長和發育。總體而言，這些結果揭示了病毒適應性的高資訊含量，並表明其可用於預測受感染宿主基因組譜的差異。