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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
突變之間的上位交互作用如何決定適應性的遺傳結構在演化中至關重要。對 RNA 病毒的上位性研究特別有趣，因為它們的基因組緊湊、缺乏遺傳冗餘且複雜性明顯較低。此外，病毒基因組突變之間的相互作用決定了抗病毒藥物抗藥性、毒力和宿主範圍等特徵。在這項研究中，我們產生了 53 種帶有成對單核苷酸取代的菸草蝕刻馬鈴薯Y病毒基因型，並測量了它們單獨和組合的有害適應性效應。我們發現，高達 38% 的配對具有顯著的適應度上位性，包括與乘性效應零假設的正偏差和負偏差。有趣的是，上位性的跡象與模型網絡中的病毒蛋白質-蛋白質相互作用相關，在連接的蛋白質對之間主要呈正向，而在未連接的蛋白質對之間呈負向！編輯的。此外，55% 的顯著交互作用是相互符號上位 (RSE) 的情況，顯示 RNA 病毒的適應性景觀可能非常崎嶇。最後，我們發現上位性的大小與突變的平均效應呈現負相關。總體而言，我們的結果與先前報導的其他病毒的結果非常一致，並進一步鞏固了這樣的觀點，即正上位性是缺乏遺傳穩健性的小而緊湊的基因組的常態。