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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
系統基因組學在很大程度上依賴精心策劃的序列資料集，其中每個基因僅包含 1:1 直系同源物。旁系同源物被視為一種危險的公害，必須被發現並消除。我們在這裡表明，對資料集的這種嚴格限制是沒有必要的。基於數學系統發育學的最新進展，我們證明基因重複傳達了有意義的系統發育訊息，並允許推斷出合理的系統發育樹，前提是可以在一定程度上確定區分直向同源物和旁系同源物。從直系同源的無樹估計開始，圖譜編輯可以充分減少噪音，以找到正確的事件註釋基因樹。基因樹的資訊可以直接轉化為對物種樹的約束。儘管單一基因家族的分辨率非常差，但我們表明，即使存在水平基因轉移，全基因組資料集也足以產生完全解析的系統發育樹。