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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
細菌基因組編碼大量小 RNA (sRNA)，這些小 RNA 在大小、結構和功能上各不相同。大多數 sRNA 透過與 mRNA 轉錄物 5'-非翻譯區的特定鹼基配對相互作用充當轉錄後調節劑，從而改變目標轉錄物的穩定性和/或其翻譯能力。在這裡，我們展示了 RNApredator，一個用於預測 sRNA 目標的網路伺服器。使用者可以從 1183 個細菌物種的超過 2155 個基因組和質粒中進行選擇。然後，RNApredator 使用動態程式方法 RNAplex 來計算假定目標。與具有類似任務的網路伺服器相比，RNApredator在目標搜尋過程中考慮了目標的可存取性，提高了預測的特異性。此外，基因本體術語、細胞途徑的豐富以及目標序列可及性的變化可以在全自動後處理步驟中完成。底層動態程式方法 RNAplex 的預測性能與更複雜的方法相似，但完成所需的時間至少少三個數量級。 RNApredator 可從 取得。