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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景：HIV-1 適應性的適度變化可能對病毒準種演化以及病毒發病機制、傳播和疾病進展產生重大影響。為了確定細胞毒性T淋巴細胞（CTL）選擇的免疫逃脫突變對同源傳播/創建者（T/F）基因組背景下的病毒適應性的影響，我們開發了一種新的競爭性適應性測定，使用缺乏外源遺傳標記的T/F基因組的分子克隆和高度靈敏且精確的平行等位基因特異性測序（PASS）方法。結果：T/F和突變病毒在CD4(+) T細胞富集培養物中競爭，重複無細胞傳代後測定病毒的相對比例，並透過數學模型估算適應成本。涉及 Gag 中的 TW10 表位以及 Tat/Rev 和 Env 中的兩個表位的自然發生的 HLA B57 限制性突變分別獨立和一起評估。也評估了恢復病毒複製適應性的補償性突變。主要的 TW10 逃脫突變 T242N 導致複製適應性降低 42%，但同一表位中的 V247I 和 G248A 突變將適應性恢復到野生型水平。在 T/F 和 Env 中攜帶早期 CTL 逃脫突變 (R355K) 和 Tat/Rev 重疊區域中的回復突變的自然選擇變異體之間沒有觀察到適應性差異。結論：這些發現揭示了 T/F 病毒基因組中 CTL 逃脫突變的廣泛適應性成本，類似於最近報告的中和抗體逃脫突變的發現，並強調了 HIV-1 基因組非凡的可塑性和適應性潛力。 T/F 基因組及其演化後代的分析是評估複合突變事件對病毒適應性影響的有效方法。