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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景：Roo 是果蠅中最豐富的反轉錄轉座子。因此，它的演化起源和動態對於了解果蠅基因組組織的演化歷史特別重要。我們在這裡研究了 roo 的系統發育分佈和演化，以及在果蠅屬 12 個完全定序的基因組中高度分化的相對 rooA。結果：我們總共鑑定出 164 個 roo 拷貝，其中 57 個是先前未識別的拷貝，出現在 12 個基因組中的 9 個中。此外，我們在四個基因組中發現了 66 個 rooA 拷貝，並在另外兩個基因組中發現了該元件的殘餘物。我們透過搜尋單獨的 roo/rooA 序列域進一步增加了元素的數量。我們的大部分 roo 和 rooA 元素都是最近插入的。基因組內的大多數元素都高度相似。對 roo 和 rooA 元素的系統發育樹進行比較表明，roo 和 rooA 之間的分裂發生在果蠅進化的早期。此外，袋鼠元素的物種樹和系統發育樹之間存在一處不一致。這種不一致涉及來自 D. mojavensis 的元素的位置，與來自 D. willistoni 的元素相比，它們與 D. melanogaster 的關係更密切。結論：在基因組內，袋鼠和袋鼠 A 的進化動態範圍從最近的轉座活動到緩慢的衰退和滅絕。在基因組中，系統發育證據的平衡、序列分歧分佈和單獨LTR元件的出現表明roo/rooA起源於果蠅進化枝內。我們討論了袋鼠在這個分支內水平基因轉移的可能性。