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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景：了解植物演化以使其生物活動適應不斷變化的環境的分子機制是一個有趣的問題，需要係統生物學方法。在這裡，我們提出了全基因組表達數據的網絡分析與逆向工程網絡模型相結合，以剖析擬南芥的轉錄控制。透過使用包含來自幾種生長條件、發育階段、生物和非生物脅迫以及各種突變基因型的穩態RNA表達水平的微陣列數據組裝來推斷調控網絡。結果：我們顯示擬南芥調控網絡具有分層網絡的特性。我們成功地應用定量網絡模型來預測訓練資料集中未包含的一組微陣列實驗的植物的完整轉錄組。我們也使用我們的模型來分析網絡基序（例如連貫前饋循環）賦予的表達水平的穩健性。此外，這裡介紹的薈萃分析使我們能夠識別調控和穩健的遺傳結構。結論：這些數據表明，擬南芥在參與對環境變化的反應和適應的細胞功能之間的轉錄調控方面已經進化出高連通性，而組成型表達或與壓力反應不太相關的基因網絡則具有較低的連通性。總而言之，這些發現顯示在這種真核生物的演化史上選擇了保守的調控策略。