本頁只刊出中文翻譯與中文說明；英文原文請見下方原文連結。
原文連結
論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景：二級結構形成了核酸描述的重要中間水平，它封裝了折疊能量的主要部分，通常在進化中得到很好的保守，並且通常用作解釋實驗結果的基礎。基於仔細測量的熱力學參數，精確的動態規劃演算法可用於計算基態、鹼基配對機率以及熱力學性質。結果：近二十年來，ViennaRNA Package 一直是廣泛使用的 RNA 二級結構相關電腦程式的彙編。標準能量模型結構、Turner 2004 參數、多核心 CPU 的普遍使用以及不斷增加的演算法變體的重大變化，促使對底層 RNAlib 和互動式使用者程式進行重大技術革新。新功能包括用於評估 RNA-RNA 相互作用和受限結構整體的擴展工具庫、附加輸出資訊（例如質心結構和源自鹼基配對機率的最大預期精度結構或局部穩定二級結構的 z 分數）以及對 fasta 格式輸入的支援。更新的實作不會影響核心演算法的運算效率，並確保與早期版本的兼容性。結論：ViennaRNA Package 2.0 支援透過 OpenMP 進行並發計算，可從 下載。