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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景：儘管未剪接的 EST 數據豐富，但作為非編碼 RNA 的資訊來源卻很少受到關注。因此，人們對未剪接的非編碼轉錄本的基因組分佈及其與更好研究的常規剪接產物的關係知之甚少。特別是，它們的演變實際上仍未被研究。結果：我們系統地研究了人類和小鼠 EST 註釋軌跡中可用的未剪接轉錄本的證據，分別包含 104,980 個和 66,109 個未剪接的 EST 簇。其中約三分之一完全位於已知基因的內含子 (TIN) 內，另外三分之一與外顯子區域 (PIN) 重疊。百分之十一是“基因間的”，遠離任何註釋的基因。許多 PIN 和 TIN 獨立轉錄的直接證據是從 CAGE 標籤和染色質數據中獲得的。我們預測每個人和小鼠有超過 2000 個 3'UTR 相關 RNA 候選物。 15% 到 20% 的未剪接 EST 簇在人類和小鼠之間是保守的。除 TIN 外，未剪接的 EST 簇的序列演化速度明顯慢於基因組背景。此外，與剪接的 lincRNA 一樣，它們表現出高度組織特異性的表達模式。結論：未剪接的長非編碼 RNA 是哺乳動物轉錄組中重要的、快速演化的組成部分。他們的分析因它們與複雜轉錄位點的優先關聯而變得複雜，這些轉錄位點通常也包含大量剪接轉錄物。未拼接的 EST 資料雖然在轉錄組分析中通常被忽略，但可用於深入了解這項很少研究的轉錄組成分。人們經常假設剪接缺失和核保留與染色質相關轉錄本的驚人重疊之間存在聯繫，這表明此類轉錄本可能涉及染色質組織以及可能的其他表觀遺傳控制機制。