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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景：在沒有水平基因轉移的情況下，可以根據經驗確定的直系同源關係重建基因家族的歷史，這相當於事件標記的基因樹。相對於事先不知道事件類型的協調問題，事件標籤的知識大大簡化了協調基因樹 T 與物種樹 S 的問題。眾所周知，未標記情況下的最佳協調可能違反時間一致性，因此在生物學上不可行。在這裡，我們研究水平轉移的事件標記協調問題的數學結構。結果：我們研究了事件標記版本的協調問題的時間一致性問題，提供了一個方便的公理框架，並得出了時間一致協調的完整特徵。這種表徵取決於事件標記基因樹上的某些弱條件，這些弱條件反映了至少在原則上可觀察演化事件的條件。我們給出一個 O(vertical bar V(T)vertical bar log(vertical bar V(S)vertical bar)) 時間演算法來決定是否存在時間一致的協調圖。它不需要建立顯式的時序圖，而是完全依賴檢查小輔助圖是否是非循環的相對簡單的任務。這些演算法是使用 boost 圖庫在 C++ 中實現的，並且可以在 上免費取得。 com/Nojgaard/tc-recon.com/Nojgaard/tc-recon.com/Nojgaard/tc-recon.com意義：時間一致性的組合特徵以及生物學上可行的協調是透過直系學資料水平轉移推斷基因家族歷史的重要一步。即，沒有預設的基因和物種樹。決定時間一致性的快速演算法在更廣泛的背景下很有用，因為它對解決樹協調問題的所有工具構成了一個有吸引力的組件。