本頁只刊出中文翻譯與中文說明；英文原文請見下方原文連結。
原文連結
論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景：在過去的二十年裡，分子系統發育和系統發育組學極大地修改和豐富了真菌系統學。大多數分析是透過比較單一或多個直系同源基因區域來進行的。序列比對一直是樹建構中的重要元素。這些基於比對的方法（以下稱為標準方法）需要獨立驗證，以便使真菌生命之樹（TOL）站穩腳跟。定序真菌基因組數量的不斷增加以及我們新提出的免比對組合向量樹（CVTree，參見方法）方法最近的成功使驗證可行。結果：從相關基因組定序中心共獲得涵蓋5個門的82個真菌基因組。使用 CVTree 方法建構了包含 3 個外群物種的無尺度系統發育樹。總體而言，由此產生的系統發育根據標準方法推斷出所有主要群體。此外，CVTree 還提供了有關幾個當前未解決的組的位置的資訊。在 Pezizomycotina 亞門中，我們的系統發育將 Dothideomycetes 和 Eurotiomycetes 視為姊妹類群。在Sordariomycetes中，推論Magnaporthe grisea和Plectosphaerellaceae分別與Sordariales和Hypocreales密切相關。在 Eurotiales 中，它支持構巢曲霉 (Aspergillus nidulans) 是 8 種曲霉中的早期分枝物種。在Onygenales中，它將組織胞漿菌屬（Histopplasma）和副球孢子菌屬（Paracoccidioides）歸為一類，支持Ajellomycetaceae是與Onygenaceae不同的分支。在糖菌亞門內，CVTree 清楚地解析了兩個進化枝：(1) 將 CTG 翻譯為絲氨酸而不是亮氨酸的物種（CTG 進化枝）和 (2) 經歷全基因組複製的物種（WGD 進化枝）。它將光滑念珠菌置於 WGD 進化枝的底部。結論：使用不同的輸入資料和方法，CVTree 方法是標準方法的良好補充。它們之間的顯著一致性為目前對TOL真菌分支的認識帶來了更多信心。