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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景：基因組 DNA 常發生基因順序重排，可以透過比較兩個 DNA 序列來定位基因順序。在粒線體基因組中，可能有不同的機制在起作用，至少其中一些涉及明顯斷點位置周圍的序列重複。我們假設這些不同的基因組重排機制留下了獨特的序列足跡。為了研究此類效應，精確定位斷點位置非常重要。結果：我們定義了一個部分局部序列比對問題，假設序列 F 重排後，產生兩個片段 L 和 R，它們可能完全匹配在一起以匹配 F，在 L 和 R 之間留下刪除的 DNA 間隙，或者彼此重疊。我們證明這個對齊問題可以透過立方空間和時間的動態規劃來解決。我們應用新方法來評估動物粒線體基因組的重排，並發現這些事件中有很大一部分涉及局部序列重複。結論：部分局部序列比對方法是研究基因組重排事件機制的有效方法。雖然此處僅應用於有絲分裂基因組，但此方法沒有理由不能用於考慮核基因組中的重排。