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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景：大RNA分子通常由多個功能域組成，其空間排列強烈影響其功能。例如，前 mRNA 剪接依賴剪接點的空間接近性，剪接點可以被長長的內含子分開。類似的效應也出現在 RNA 病毒基因組的加工。儘管是一個粗略的測量，但熱力學平衡中的空間距離分佈包含了有關分子形狀的有用信息，從而可以深入了解其功能域的相互作用。結果：空間距離可以用RNA二級結構中的圖形距離來近似。我們在這裡表明，一對固定核苷酸之間的圖形距離的平衡分佈可以透過動態編程在多項式時間內計算出來。雖然對於序列長度 n 和 D 個不同距離值，簡單的實作會產生 O(n(6)D(5)) 非常高的時間複雜度的遞歸，但對於主要關注小距離的實際應用，可以將其減少到 O(n(4))。然而，進一步削減似乎很困難。因此，我們引入了更容易實施的採樣方法。從理論上講，它們也有利於一些現實生活中的應用，特別是因為這些應用主要涉及非常大的 RNA 分子中的長程相互作用。結論：可以使用動態規劃法來計算圖距離分佈。雖然是現實的粗略近似，但我們的初步結果表明圖形距離可以與 smFRET 數據相關。我們論文的附加文件和軟體可從 取得。