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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景：大多數使用分子數據的系統發育研究將多個序列比對中的缺口視為缺失數據，甚至完全排除包含缺口的比對列。結果：在這裡，我們表明，大規模全基因組比對中的缺口模式本身就具有系統發育信息，並且可以用於推斷可靠的系統發育，前提是缺口數據經過適當過濾以減少比對方法引入的噪音。我們在這裡引入分裂誘導插入缺失（splids）的概念，它定義了分類單元集的近似二分。我們在模擬數據和現實生活數據的案例研究中都表明，可以從系統發育數據集中有效地提取樣本。結論：從全基因組比對中提取的經過適當處理的缺口模式提供了令人驚訝的清晰系統發育訊號，並允許推斷準確的系統發育樹。