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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景：小核仁 RNA (snoRNA) 是非蛋白質編碼 RNA 中最古老的家族之一。它們在古細菌和真核生物中普遍存在，但在細菌中不存在。它們的主要功能是針對核醣體 RNA 的化學修飾。它們分為兩類：box C/D snoRNA 和 box H/ACA snoRNA，它們透過保守的序列基序和它們控制的化學修飾類型清楚地區分。與 microRNA 類似，snoRNA 出現在影響同源標靶的不同同系物家族中。在動物中，snoRNA 及其演化已被詳細研究。然而，在植物中，它們的演化卻很少引起人們的注意。結果：為了繪製植物中各個 snoRNA 家族的系統發育分佈圖，我們應用了一個複雜的方法來辨識整個植物界已知植物 snoRNA 的同源物。為了響應 snoRNA 相對較快的演化，有關保守序列框、標靶序列和二級結構的資訊被組合起來，以識別其他 snoRNA。我們鑑定了 24 個物種的 296 個 snoRNA 家族，並追蹤了它們在整個植物界的演化。許多植物 snoRNA 家族包含旁系同源物。我們也發現大多數 snoRNA 家族的標靶都是高度保守的。結論：snoRNA 的序列保守性足以建立門之間的同源性。然而，陸地植物和藻類之間的保護程度逐漸減弱。植物 snoRNA 經常組織成高度保守的空間簇。作為進一步研究的資源，我們為所研究的每個 snoRNA 家族提供精心策劃和註釋的比對。