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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景：愛滋病毒性傳播或母嬰傳播中遺傳瓶頸的發生已有充分記錄。這導致大多數新感染都是同質的，也就是由單一基因株引發。感染後早期，在宿主免疫反應開始之前，病毒族群呈指數成長。在這種簡單的設定中，基於多樣性測量比較來估計演化和人口統計參數的方法是現有貝葉斯方法（例如 BEAST）的可行替代方案，而現有貝葉斯方法則是基於譜系模擬。結果：我們設計了一種網路工具，透過將其與中性生長模型進行比較來分析急性感染 HIV-1 患者的遺傳多樣性。更具體地說，我們在宿主誘導選擇開始之前考慮同質感染（即由獨特的遺傳株引發），其中我們可以假設突變的隨機累積。先前，我們已經證明，只要在感染過程中儘早抽取樣本，這樣的模型就能成功描述約 80% 的 HIV-1 性傳播。違反模型是異質感染或選擇開始的指標。結論：當我們模型的基本假設（選擇先前的同質感染和快速指數增長）得到滿足時，我們處於一個非常特殊的情況下，我們可以使用前向方法（而不是如合併方法提供的時間倒退）。這允許使用計算效率更高的方法來導出自最近的共同祖先以來的時間。此外，該工具對漢明距離頻率分佈進行統計測試，並輸出總統計資料（最佳擬合泊松分佈的平均值、擬合優度 p 值等）。該工具可在幾分鐘內運行，並且可以輕鬆容納透過新的超深焦磷酸測序技術產生的數萬個序列。該工具可在 LANL 網站上取得。