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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景：最近的實驗和計算研究為大量與蛋白質編碼基因無關的不同轉錄本提供了壓倒性的證據。一個亞類由那些需要獨特的二級結構基序來發揮其生物學功能的RNA組成，因此表現出獨特的序列保守特徵模式，用於RNA二級結構的正選擇。由 NHGRI 協調的 12 種果蠅物種的深度定序提供了比較計算方法的理想數據集，以確定編碼進化保守 RNA 基序的基因組位點。此類基因座包括大多數已知的小 ncRNA 以及 mRNA 中的結構化 RNA 基序。我們在此報告使用 RNAz 進行的全基因組調查。結果：我們獲得了 16000 個高品質的預測，其中恢復了大部分已知的 ncRNA。考慮到 40% 的悲觀錯誤發現率，這意味著果蠅基因組中至少有約一萬個基因座顯示出穩定 RNA 結構選擇作用的標誌，因此很可能在 RNA 層面發揮功能。與 TRFI 和 BRF 結合位點重疊的 RNAz 預測子集 [Isogai 等人，EMBO J. 26：79-89 (2007)]，它們是 PoI III 轉錄本的合理候選者，已被更詳細地研究。在這些序列中，我們鑑定了幾個具有驚人結構相似性的 ncRNA 候選「簇」。結論：與脊椎動物基因組的類似分析相比，RNAz 預測的統計評估[Washietl 等人，Nat.生物技術。 23: 1383-1390 (2005)]顯示在內含子、UTR 和基因間區域中發現了結構性 RNA 的質量相似的部分。然而，基因間 RNA 結構更緊密地集中在已知的蛋白質編碼位點周圍，這表明與哺乳動物相比，果蠅的獨立結構 ncRNA 的補充要少得多。