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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景：病毒學的核心興趣之一是識別導致病毒感染的宿主因素。儘管付出了巨大的努力，但所確定的因素仍然有限。透過組學技術，重點已從識別和徹底表徵個體宿主因素轉變為同時分析數千種相互作用，將它們構建在蛋白質-蛋白質相互作用網絡和轉錄調控網絡的背景下。這種新視角使得能夠識別直接和間接的病毒標靶。這些資訊適用於馬鈴薯病毒科的幾個成員，馬鈴薯病毒科是最大和更重要的植物病毒科之一。結果：在收集了來自不同馬鈴薯病毒屬的病毒蛋白質-蛋白質相互作用的資訊後，我們對其進行了處理並用於推斷蛋白質-蛋白質相互作用網絡。所有蛋白質都連接到一個網絡組件。有些蛋白質表現出高度的連接性，而有些蛋白質的連接性則低得多，網絡顯示出顯著程度的不分類性。我們試圖將這種病毒蛋白質-蛋白質相互作用網絡整合到易感實驗室宿主擬南芥最大的蛋白質-蛋白質相互作用網絡中。為了使數據和結果的解釋更容易，我們開發了一種新方法來視覺化和分析由病毒蛋白引起的局部擾動在宿主網路上的動態傳播。我們發現局部擾動可以到達整個宿主蛋白質-蛋白質相互作用網絡，儘管這種傳播的效率取決於特定的病毒蛋白質。透過比較病毒蛋白之間的傳播動態，我們發現有些蛋白質透過攻擊宿主網路中的中樞來快速有效地傳播其效應，而其他蛋白質則發揮更多的局部效應。結論：我們的研究結果證實，馬鈴薯Y病毒蛋白質-蛋白質相互作用網絡是高度連接的，其中一些蛋白質起著樞紐的作用。一些拓樸參數與蛋白質程度線性相關。有些病毒蛋白質僅將其作用集中在宿主中樞，而有些病毒蛋白質則首先將其作用分散到多種蛋白質中。未來的新數據將有助於完善我們的模型並改善我們的預測。