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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景：直系同源分析是生物資訊學許多領域（例如比較基因組學和分子系統發育學）資料分析的重要組成部分。序列資料的不斷增加，以及因此可以同時比較的基因組數量的迅速增加，需要高效的軟體工具，因為具有二次記憶體要求的強力方法在實踐中變得不可行。此外，新資料的快速出現使得需要計算給定資料集的全基因組直系關係，而不是依賴資料庫中列出的關係。結果：此處所述的程式 Proteinortho 是一個獨立工具，適用於大型資料集，並在多核心硬體上執行時利用分散式運算技術。它實現了倒數最佳對齊啟發式的擴展版本。我們應用 Proteinortho 來計算 2009 年初 NCBI 提供的所有 717 個真細菌基因組的完整集合中的直向同源蛋白質。我們鑑定了 99% 的所有細菌蛋白質組中存在的 30 種蛋白質。結論：與現有工具相比，Proteinortho 顯著減少了直系同源分析所需的記憶體量，從而允許在現成的硬體上執行此類計算。