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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景：表達微陣列上探針點的亮度旨在測量特定 mRNA 標靶的豐度。序列中至少包含三個鳥嘌呤 (G) 的探針顯示異常高強度，這反映的是探針效應而不是目標濃度。這種 G 偏差需要在下游表達分析之前進行校正。結果：沿著探針序列的三個或多個連續 G 的較長運行，特別是在其溶液末端的三重簡併 G（(GGG) 1 效應）與 GeneChip 表達陣列上異常大的探針強度相關。這種強度偏差與非特異性雜交有關，並影響完美匹配和錯配探針。對於後續 GeneChip 幾代的微陣列，(GGG) 1 效應趨於逐漸增強。它被發現適用於 DNA/RNA 以及 DNA/DNA 探針/目標雜交化學。使用 T7 引子的樣本 RNA 擴增與 G 偏向的強正振幅相關，而使用隨機引子的替代擴增方案會產生小得多且部分甚至是負振幅。我們應用位置依賴性敏感性模型來分析沿著 25 聚體探針序列的一到四個相鄰核苷酸的所有可能的短序列基序背景下探針強度的細節。大多數較長的基序都可以使用最近鄰 (NN) 模型進行充分描述。相反，簡併鳥嘌呤的運作需要明確考慮下一個最近鄰（GGG 術語）。 vsn、RMA、dChip、MAS5 和 gcRMA 等預處理方法僅不足以消除資料中的 G 偏差。結論：位置和基序依賴性敏感性模型解釋了寡核苷酸探針強度的序列效應。我們提出了一種位置依賴的 NN+GGG 混合模型來修正與含有多 G 基序的探針相關的強度偏差。它被實現為基於單晶片的 GeneChips 校準演算法，可應用於標準預處理之前的預校正步驟。