本頁只刊出中文翻譯與中文說明；英文原文請見下方原文連結。
原文連結
論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景 許多常用的直系同源檢測方法從相互最相似的基因對（相互最佳匹配）開始，作為進化上最密切相關的基因對（相互最佳匹配）的近似值。這種最佳匹配的近似對於超度量差異來說是精確的，即在分子鐘假說下。然而，當旁系同源基因之間存在著大的譜系特異性速率變異時，它就會失敗。實際上，這會在基於最佳命中的直系同源檢測方法的輸入資料中引入高水平的雜訊。結果如果基因之間的加性距離已知，則可以透過考慮某些基因四重體來識別進化上最密切相關的對，前提是在每個四重體中相對於其餘三個基因的外群是已知的。對潛在物種系統發育的先驗知識極大地促進了所需外群的識別。儘管工作流程仍然是一種啟發式方法，因為在所有情況下都無法可靠地確定正確的外群，但具有譜系特定偏差和速率不對稱的模擬表明可以實現近乎完美的結果。在現實環境中，距離資料必須根據序列資料進行估計，因此存在噪聲，但仍然可以獲得高度準確的最佳匹配集。結論 結合這裡報告的最佳匹配的準確推斷以及理解（相互）最佳匹配圖和直系同源關係方面的最新數學進展，可以預期無樹直系同源評估方法的改進。可用性 隨附軟體可從 取得。