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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景：識別化學反應網路中的循環路徑很重要，因為這種循環可能表明在電腦模擬中違反了能量守恆，或是體內回饋的存在。不幸的是，我們識別化學計量網絡（例如訊號傳導和基因組規模代謝網絡）中循環的能力受到目前使用方法的計算複雜性的阻礙。結果：我們描述了一種用於識別化學計量網絡中循環的新演算法，並透過詳盡地識別幽門螺旋桿菌、巴克氏菌、大腸桿菌和釀酒酵母的基因組規模代謝網絡中包含的循環，將其性能與其他兩種演算法進行比較。與之前的兩種演算法相比，我們的演算法可以大幅減少執行時間和最大記憶體使用量。結論：我們描述的演算法提高了我們研究大型現實世界生化反應網路的能力，儘管還需要額外的方法來改進。