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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景：近年來，RNA 被認為是細胞調節的關鍵參與者。在許多情況下，非編碼 RNA 透過與其他核酸結合來發揮其功能，例如 microRNA 和 snoRNA。這些相互作用的特異性源自分子間鹼基配對的穩定性。因此，RNA-RNA 結合的精確計算處理是目標預測演算法的核心。方法：用於計算線性單股RNA分子二級結構的標準動態程式演算法擴展到兩個相互作用的RNA的共同摺疊。結果：我們提出了一個程式 RNAcofold，它可以計算一對相互作用的 RNA 分子的雜交能量和鹼基配對模式。與早期的方法相比，兩種 RNA 中複雜的內部結構都得到了充分考慮。 RNAcofold 支援計算基態以上能帶中的最小能量結構和一整套次優結構。此外，它還提供了 McCaskill 配分函數演算法的擴展，用於計算鹼基配對機率、實際相互作用能和雙鏈結構的平衡濃度。可用性：RNAcofold 作為 Vienna RNA Package 的一部分進行分發， ac.at/RNA/。聯絡人：Stephan H. Bernhart - berni@tbi.univie.ac.at