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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景：鑑定能夠中和多種 HIV-1 株的抗體所針對的抗原決定基可以為預防性疫苗的設計提供重要線索。方法：我們開發了一種計算方法，可以識別 HIV-1 包膜糖蛋白內影響廣泛交叉中和抗體敏感性的關鍵氨基酸。給定一組病毒的序列比對和中和滴度，該方法透過擬合系統發育模型來工作，該模型允許每個位點的氨基酸頻率取決於中和敏感性。使用貝葉斯因子（BF）確定了病毒進化影響中和敏感性的位點，以將該模型的擬合度與空模型的擬合度進行比較，在空模型中序列的進化獨立於抗體敏感性。使用 Metropolis 演算法識別構象表位，該演算法在病毒包膜的三級結構上搜尋具有大貝葉斯因子的一組位點。結果：我們將我們的方法應用於從 7 個具有中和廣度的 HIV-1 C 亞型血清樣本中生成的 ID50 中和數據，這些樣本已針對 225 種假病毒的多進化枝組進行了測試，這些假病毒的包膜序列也可用。對於每個樣品，鑑定出兩到四個與中和敏感性密切相關的位點 (2ln(BF) > 6)，其中的子集使用定點突變透過實驗得到證實。結論：我們的結果為使用應用於橫斷面病毒中和數據的演化模型來識別賦予中和廣度的血清抗體表位提供了強有力的支持。