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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景：長末端重複（LTR）反轉錄轉座子是真核生物基因組中廣泛存在的轉座元件。由於它們能夠產生大規模突變和基因組重排，因此它們是基因組進化的主要因素。與其他轉座元件相比，屬於 LTR 反轉錄轉座子的後生動物 BEL/Pao 亞類的元件很少受到關注。迄今為止，還沒有這些元素的全面表徵。本研究的目的是描述一組 62 個已定序的後生動物基因組中的所有 BEL/Pao 元件，並分析它們的系統發育關係。結果：我們在 62 個研究基因組中的 53 個中總共鑑定出了 7,861 個 BEL/Pao 元件。我們在 20 個基因組中鑑定了 BEL/Pao 元件，但迄今為止尚未發現此類元件。我們的分析表明，BEL/Pao 元件是我們研究的基因組中第二豐富的 LTR 反轉錄轉座子，比 Ty1/Copia 元件更豐富，僅次於 Ty3/Gypsy 元件。它們出現在多個門中，包括基底後生動物門，這表明 BEL/Pao 元素出現在動物進化的早期。我們證實了先前的研究結果，即 BEL/Pao 元素不會出現在哺乳動物中。我們發現的元素可分為超過 1725 個族，其中 1623 個是新的、以前未知的族。這些家族分為七個總家族，迄今僅對其中五個進行了表徵。一個新的超家族是 Pao 超家族的一個主要分支，我們建議將其稱為 Dan，因為它僅限於斑馬魚斑馬魚的基因組。另一個新的超家族包含 83 種元素，僅限於低等水生真後生動物。我們建議將此超家族稱為 Flow。 BEL/Pao 元素並未顯示出遠緣物種之間近期水平基因轉移的任何跡象。