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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
背景比較基因組學方法促進了許多新型非編碼和結構化 RNA (ncRNA) 的發現。現在，相關基因組的可用性不斷增加，使得系統地搜尋補償性鹼基變化成為可能，從而搜尋保守的二級結構，甚至在一級序列中可比性較差的基因組區域中也是如此。豐富的可用轉錄組數據可以為新 ncRNA 候選者的表達和可能功能提供有價值的見解。早期鑑定黑腹果蠅 ncRNA 的工作利用基於序列的比對並採用滑動視窗方法，不可避免地偏向識別基因組中較保守部分編碼的 RNA。結果為了尋找序列可能不高度保守的保守 RNA 結構 (CRS) 並評估 CRS 的表達，我們對包括黑腹果蠅在內的 27 個昆蟲基因組進行了全基因組結構比對篩選，並將其與廣泛的平鋪數組數據。結構比對篩選顯示了約 30,000 個新穎的候選 CRS，估計錯誤發現率低於 10%。由於超過四分之一的單一 CRS 基序顯示序列同一性低於 60%，預測的 CRS 在很大程度上補充了先前應用的滑動視窗方法的發現。雖然六分之一的 CRS 普遍表達，但我們發現大多數 CRS 在特定的發育階段或細胞系中表達。值得注意的是，在蛹中觀察到了最具統計意義的 CRS 富集，主要是在非翻譯區的外顯子、啟動子、增強子和長 ncRNA 中。有趣的是，我們發現細胞系表達的 CRS 組與體內發現的不同。只有一小部分基因間 CRS 與相鄰的蛋白質編碼基因共表達，這顯示大多數基因間 CRS 是獨立的遺傳單位。結論本研究提供了果蠅 ncRNA 轉錄組的更全面的視圖，以及發育過程和細胞系中 CRS 差異表達的證據。