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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
自切割核酶是具有催化活性的 RNA，可將自身切割成帶有 2',3'-環狀磷酸鹽的 5'-片段和帶有 5'-羥基的 3'-片段。它們廣泛應用於建構合成 RNA 裝置和基於 RNA 的療法。然而，自裂解核酶的標靶發現仍然是一項重大挑戰。我們開發了一種全轉錄組方法，稱為 cyPhyRNA-seq，用於篩選總 RNA 萃取物中的核酶切割片段。此方法利用我們設計的擬南芥 tRNA 連接酶的變體，以基於特定連接的核酶 5' 片段捕獲。為了捕獲核酶 3' 片段，透過酶處理從總 RNA 中富集它們。我們在體外和摻入實驗中優化和增強了 cyPhyRNA-seq 的各個步驟。然後，我們將 cyPhyRNA-seq 應用於從普通 Desulfovibrio 細菌中分離的總 RNA，並檢測了三種預測的 II 型鎚頭核酶的自裂解，但其活性迄今尚未進行過檢測。 cyPhyRNA-seq 可用於活性自切割核酶的整體分析，具有從總 RNA 捕獲核酶切割片段的優點。特別是在含有許多自切割 RNA 的生物體中，cyPhyRNA-seq 有助於研究切割活性。此外，該方法有可能用於在不同生物體中發現新型自切割核酶。