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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
蛋白質-蛋白質相互作用（PPI）網絡代表複雜的細胞內蛋白質相互作用，這種相互作用的存在或不存在可以導致生物體的生物學變化。最近基於網路的方法表明，表型的 PPI 網路對環境擾動的恢復能力與其在生命樹中的位置有關。儘管我們仍然不知道某些細胞內因素如何或為何能帶來這種彈性。在這裡，我們探討了基因表現和網絡特性對 PPI 網絡彈性的影響。我們使用大腸桿菌、釀酒酵母和智人的 PPI 的公開數據，在三種節點添加機制（隨機、基於程度和基於基因表現的附件）下，我們計算當新節點（蛋白質）添加到網絡時網絡彈性的變化。透過計算所得網路的彈性，我們估計這些節點添加機制的有效性。我們證明，添加具有基於基因表現的優先附著（而不是隨機或基於程度）的節點可以保留並增加所有三個物種中 PPI 網絡的原始彈性，無論基因表現分佈或網絡結構如何。這些發現引入了前瞻性彈性的一般概念，並強調了網絡結構在理解表型性狀演化方面的關鍵作用。布倫南·克萊因等人。提出一種適應性網絡彈性測量，即預期彈性（PR），以探索添加新節點後蛋白質-蛋白質相互作用網絡的彈性。他們將 PR 應用於公共數據集，發現當新節點或蛋白質的連接基於網絡中現有蛋白質的基因表現水平時，網絡的彈性最大化。