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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
蛋白質序列和結構之間的對應關係，或序列結構圖，涉及結構、演化和合成生物學的基本面向。映射的細節，例如可接近的序列和結構的比例，或序列快速折疊的能力，由組成序列的單體之間的相互作用類型決定。單體之間可能的相互作用集由位能函數封裝。在這項研究中，我探討了勢的相對力對序列結構圖結構的影響。我的觀察依賴於蛋白質的簡單精確模型和二進位字母表勢能函數空間的隨機樣本。我採用圖形視角，研究可行序列的分佈及其產生的結構，作為透過點突變連接的序列網絡。我觀察到，吸引力、中性力和排斥力的相對比例定義了勢的類型，從而產生了截然不同的體系結構的序列結構圖。我描述了這些差異背後的屬性，並將它們與勢的結構連結起來。這些特性包括與特定結構相關的序列的預期數量和相對分佈以及作為序列分歧函數的結構多樣性。我研究了在天然氨基酸中觀察到的二元電位類型，結果表明，僅對某些類型的電位存在強烈偏差，這種偏差似乎表徵了天然蛋白質的折疊代碼。我討論了這些觀察結果對天然蛋白質序列結構圖的建構、勝肽隨機文庫的建構以及天然胺基酸字母表的早期演化的影響。