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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
許多非編碼RNA基因和信使RNA的順式調控元件的功能在很大程度上取決於結構，而結構又由它們的序列決定。單核苷酸多態性 (SNP) 和其他突變可能會破壞 RNA 結構，幹擾分子功能，進而引起表型效應。 RNAsnp 是一種基於 Vienna RNA 套件中實現的 RNA 折疊演算法來預測 SNP 對局部 RNA 二級結構影響的有效方法。 SNP 效應根據經驗 P 值進行量化，為了計算效率，經驗 P 值源自大量預先計算的替換效應分佈表，作為基因長度和 GC 含量的函數。在這裡，我們提出了一個 Web 服務，它不僅提供 RNAsnp 接口，而且還具有圖形輸出表示形式。此外，網路伺服器連接到 UCSC 基因組瀏覽器資料庫的本地鏡像，使用戶能夠選擇用於分析的基因組序列，並直接在 UCSC 基因組瀏覽器中視覺化結果。 RNAsnp Web 伺服器可免費取得：