摘要 轉移 RNA (tRNA) 存在於所有類型的細胞和細胞器中

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• 類型：已發表論文
• 日期：2022-09-02

摘要

轉移 RNA (tRNA) 存在於所有類型的細胞和細胞器中。動物粒線體的 tRNA 顯示出低水平的一級序列保守性，並表現出「奇怪的」二級結構，缺乏常見三葉草的完整結構域。這些序列很難檢測，因此在計算分析和粒線體基因組註釋中經常被遺漏。在這裡，我們介紹了一種基於手動策劃的協方差模型中的序列和結構資訊的後生動物線粒體 tRNA 基因的自動註釋程序。此方法用於重新註釋 1876 個可用的後生動物粒線體 RefSeq 基因組，即使在分歧的早期階段，也可以區分剩餘的功能基因和降解的「假基因」。隨後對一組全面的粒線體 tRNA 基因的分析為粒線體 tRNA 序列結構的演化以及基因組重排的機制提供了新的見解。我們f！發現集中在基底後生動物的 tRNA 基因頻繁丟失，tRNA 基因的各個部分頻繁獨立丟失，特別是在節肢動物中，以及相反閱讀方向上 tRNA 廣泛保守的重疊。獲得了最近幾次串聯重複隨機丟失事件的直接證據，表明該機制對新線粒體基因順序的出現有影響。