本頁只刊出中文翻譯與中文說明；英文原文請見下方原文連結。
原文連結
論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
转录谱已被广泛用作揭示基因响应遗传和环境扰动的共同调控的工具。在一些情况下，这些共同调节已被用来推断全局转录调节模型。在这里，利用大肠杆菌可用的大量转录组信息，我们试图了解决定其转录组调控的设计原理。結合轉錄組和訊號數據，我們開發了一種進化計算程序，可以獲得替代的基因組轉錄調控網絡（GTRN），該網絡仍然保持其對動態環境的適應性。我们将我们的方法应用于大肠杆菌 GTRN，并表明它可以重新连接到更简单的转录调控结构。這些重新連接的 GTRN 仍然保持對波動環境的整體生理反應。重新连接的 GTRN 包含的受调控操纵子减少了 73%。基因与！跨环境的相似功能和协调表达模式被聚集成更长的调控操纵子。这些合成的 GTRN 更加敏感，并且对具有挑战性的环境表现出更强大的响应。這一結果表明，大腸桿菌 GTRN 的自然配置不一定是對環境擾動的穩健性選擇的結果，但演化的偶然性可能也很重要。我們也討論了需求理論背景下我們的方法的限制。我們的計畫將作為一種分析全球轉錄調控網絡的新方法以及在合成生物學中用於基因組從頭設計的有用方法。