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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
近年來，破解代謝網絡的模組化組織並了解模組化如何演變引起了人們的極大興趣。在這裡，我們對整個細菌生命樹的模組化進行了全面的大規模表徵，系統地量化了超過 300 種細菌物種的代謝網絡的模組化。確定了代謝網絡模組化的三個主要決定因素。首先，網路規模是網路模組化的重要拓樸決定因素。其次，一些環境因素影響網絡模組化，內共生體和哺乳動物特異性病原體的模組化得分低於佔據更廣泛生態位的細菌物種。此外，即使在病原體中，那些在兩個不同生態位之間交替的病原體，例如昆蟲和哺乳動物，也往往具有相對較高的代謝網絡模組性。第三，水平基因轉殖是代謝模組化有重大貢獻的重要力量。我們也重建了祖先細菌[物種的代謝網絡，並檢查了整個生命樹的模組化演化。這揭示了從祖先到後代模組化程度降低的趨勢，這可能是生態位專業化和外圍代謝反應結合的結果。