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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
進化上保守的 RNA 二級結構是純化選擇以及分子功能的強大指標。透過比較基因組學評估其全基因組發生率一直受到高假陽性率和不同預測的困擾。我們提出了一種新穎的基準測試流程，旨在校準全基因組掃描的精確度以進行一致 RNA 結構預測。然後分析從兩種精細結構預測演算法 RNAz 和 SISSIz 獲得的基準數據，以微調基因組滑動視窗篩選的最佳化工作流程的參數。當應用於 35 種哺乳動物的基於一致性的多基因組比對時，我們的方法使用保守的靈敏度閾值自信地識別出超過 400 萬個進化受限的 RNA 結構，該閾值使得此類分析的錯誤發現率達到歷史最低水平 (5-22%)。這些預測佔人類基因組的 13.6%，其中 88% 不屬於任何已知的序列約束元件，這表明哺乳動物基因組的很大一部分是有功能的。例如，我們的研究結果鑑定了長非編碼 RNA MALAT1 中已知且新穎的保守 RNA 結構基序。這項研究提供了一套廣泛的功能轉錄組註釋，將幫助研究人員揭示高等真核生物發育本體論背後的精確機制。