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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
闡明導致 HIV-1 傳播的病毒與宿主的相互作用對於推進 HIV-1 預防策略非常重要。為此，在隨機病毒進化模型的背景下，單基因組擴增（SGA）和 HIV-1 定序首次使得對傳播/創始病毒的明確識別和對其數量的精確估計成為可能。在這裡，我們將這種方法應用於一組急性感染的男男性行為者 (MSM) 的 HIV-1 env 分析，發現其中很大一部分人（28 人中的 10 人；36%）已被不止一種病毒有效感染。在多變體傳播的受試者中，傳播病毒的最小數量為 2 至 10 種，病毒重組導致病毒譜系之間快速且廣泛的基因改組。對這些結果的綜合分析，加上最近發表的基於異性戀 (HSX) 隊列中相同 SGA 方法的研究結果，揭示了 MSM 中多變異傳播的頻率顯著高於 HSX [50 名受試者中的 19 名 (38%) 與 175 名受試者中的 34 名 (19%)； Fisher 精確 p = 0.008]。為了進一步評估識別傳播/創始病毒的 SGA 策略，我們分析了 MSM 受試者血漿病毒 RNA (vRNA) 和血液單核細胞 DNA 中的 239 個重疊的 5' 和 3' 半基因組或僅 env 序列，該受試者在症狀出現前 3 -6 天和血漿病毒血症峰值前 14-170,407, 病毒暴露所有 239 個序列在與臨床病史一致的時間範圍內合併為單一傳播/創建病毒基因組，並且該基因組的分子克隆編碼與模型預測一致的具有複製能力的病毒。與 HSX 相比，MSM 的 HIV-1 感染複數更高，這與 MSM 中明顯更高的病毒感染流行病學風險一致，並且可能表明 HIV-1 疫苗面臨的挑戰比之前認識到的更大。