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論文資訊
- 類型：已發表論文
- 日期：2022-09-02
摘要
隨著全基因組轉錄資料和大規模比較定序的出現，區分編碼與非編碼 RNA 以及評估進化保守區域的編碼潛力成為核心分析任務。在這裡，我們介紹 RNAcode，這是一個用於檢測多個序列比對中的編碼區域的程序，該程序針對當前蛋白質基因查找軟體未涵蓋的新興應用進行了優化。我們的演算法將核苷酸替換和缺口模式的資訊結合在一個統一的框架中，並處理現實生活中的問題，例如比對和定序錯誤。它使用沒有機器學習組件的顯式統計模型，因此可以“開箱即用”，無需任何培訓，即可應用於來自生活各個領域的數據。我們描述了 RNAcode 方法，並將其與質譜實驗相結合，以預測和確認大腸桿菌中的七種新型短肽，並分析先前註釋為「非編碼」的 RNA 的編碼潛力。 RNAcode 是開源軟體，可用於所有主要平台，網址為